Нинджутсу, или умение/техника мистическое искусство шиноби, используемое ими в сражениях. Чтобы использовать джутсу, шиноби должен использовать свою чакру. Есть 2 источника чакры: энергия тела, содержащаяся в триллионах клеток, и ментальная и духовная энергия, никапливаемая во время тренировок. 

Чтобы применить джутсу нинзя должен высвободить обе эти энергии. Делая печати руками, нинзя выполняет желаемое джутсу. Невообразимое число печатей и их различных комбинаций дает возможность создавать тысячи различныз техник.
В зависимости от используемых техник, тип и колличество выделяемой чакры будет различен. Пять основных природных стилей это также названия Пяти Великих Стран Шиноби: Огонь, Ветер, Молния, Земля и Вода. У каждого нинзя есть предрасположенность к одному из стилей. Для определения этого стиля используется специальная бумага, сделанная из коры деревьев, в которые при выращивании была добавлена чакра. Когда шиноби наполняет такую бумагу своей чакрой, бумага претерпевает различные изменения, в зависимости от предрасположенности нинзя. Бумага разорвется на два куска, если нинзя предрасположен к технике ветра, сгорит если к технике огня, станет влажной если к технике воды, развалится если к технике земли, и согнется если к технике молнии. Например Какаши предрасположен к технике молнии, а Саске сразу к двум: молнии и огню, как представитель клана Учиха.
Сами по себе техники также взаимодействуют друг с другом. Техника огня сильнее техники ветра, поскольку ветер только раздувает огонь. То есть если равные техники огня и ветра встретятся в поединке, то скорее всего победит огонь. Техника ветра сильнее техники молнии, техника молнии сильнее техники земли, техника земли сильнее техники воды, а техника воды сильнее техники огня.

Чтобы применить джутсу нинзя должен высвободить свою чакру. Делая печати руками, нинзя выполняет желаемое джутсу. Некоторые техники, вроде тайджутсу, не требуют складывания печатей, однако нинзя может использовать их, чтобысобирать чакру в определенных частях своего тела. Также, некоторые нинджутсу, такие как Разенган, не требуют формирования печатей.

Формируя печати, нинзя направляет чакру и применяет требуемое джутсу. Невообразимое число печатей и их различных комбинаций дает возможность создавать тысячи различныз техник. Сами печати происходят от 12 знаков китайского Зодиака. Печати переняты от индуистской и буддийской иконографии, где они называются «Мудра», что значит «Печать» или «Знак» на санскрите. Эти знаки идентифицируют природу и функции божества, которое использует их. С течением времени эти традиции менялись, перемещаясь из страны в страну.

В дополнении к этим печатям некоторые техники имеют свои уникальные печати, формирующиеся из различных положений рук и пальцев, как например Каге Буншин (Теневое клонирование), Шинтеншин и другие… Каждый нинзя для формирования печатей использует обе руки. Хаку же создавал печати одной рукой, применяя свое наследное джутсу Хьёутон (техника льда). Неизвестно, было ли это уникальным умением всего клана, или это было доступно только Хаку.

Нэ – Крыса

 Крыса – это первый знак китайского зодиака. Она ассоциируется с севером и с месяцем ноябрь.

Замечание: Крыса используется в технике управления тенями, используемой кланом Нара

Уши – Бык

 Бык - второй знак китайского зодиака. Он ассоциируется с северо-северо-востоком и месяцем декабрь.

Тора – Тигр

 Тигр – третий знак китайского зодиака. Он ассоциируется с восток-северо-востоком и месяцем январь.

Замечание: печать тигра используется в техниках, управляющих огнем.

У – Кролик

 Кролик – четвертый знак китайского зодиака. Он ассоциируется с востоком и месяцем февраль.

Татсу – Дракон

 Дракон – пятый знак китайского зодиака. Он ассоциируется с восток-юго-востоком и месяцем март

Ми – Змея

 Змея – шестой знак китайского зодиака. Она ассоциируется с юго-юго-востоком и месяцем апрель.

Замечание: печать змеи используется в техниках, управляющих землей.

Ума – Конь

 Конь – седьмой знак китайского зодиака. Он ассоциируется с югом и месяцем май.

Хицуджи – Баран

 Баран – восьмой знак китайского зодиака. Он ассоциируется с юго-юго-западом и месяцем июнь.
Замечание: в манге печать барана изображалась как большой или указательный палец направленный вверх.

Сару – Обезьяна

 Обезьяна – девятый знак китайского зодиака. Она ассоциируется с запад-юго-западом и месяцем июль.

Тори – Птица

 Птица – десятый знак китайского зодиака. Она ассоциируется с западом и месяцем август.

Ину – Собака

 Собака – одиннадцатый знак китайского зодиака. Она ассоциируется с запад-северо-западом и месяцем сентябрь.

И – Кабан/Свинья

 Кабан – двенадцатый знак китайского зодиака. Он ассоциируется с северо-северо-западом и месяцем октябрь.

Ранги техник